Vào ngày 16 tháng 2 năm 1799, Karl Theodor, Tuyển hầu xứ Bayern qua đời mà không để lại bất kỳ người thừa kế nam nào nên toàn bộ tài sản, tước vị, lãnh thổ của Karl Theodor cũng như quyền đứng đầu Vương tộc Wittelsbach đều thuộc về Maximilian. Ông trở thành Tuyển đế hầu của Xứ Bayern và Xứ Pfalz, vì thế ông cũng nắm trong tay chức quan "Tổng quản của Đế chế La Mã Thần Thánh", ngoài ra ông còn thừa kế các lãnh thổ: Công quốc Berg, Bá quốc Pfalz-Neuburg, Bá quốc Pfazl-Sulzbach. Lãnh thổ nằm dưới quyền cai trị của Maximilian lớn thứ 3 trong Đế chế La Mã Thần thánh, chỉ xếp sau Quân chủ Habsburg và Brandenburg-Phổ của Vương tộc Hohenzollern.

Maximilian tuy thừa kế nhiều lãnh thổ rộng lớn trong Đế chế, nhưng quân đội tại các nhà nước này trong tình trạng rất tệ, trong đó nhà nước lớn nhất là Bayern không hề có một đơn vị nào có đủ sức mạnh, quân đội nói chung được huấn luyện và trang bị tồi. Sau khi lên ngôi với tước hiệu Maximilian IV Joseph, ông đã dùng kiến thức và kinh nghiệm của mình dưới thời còn là sĩ quan cấp cao trong Quân đội Pháp để tái thiết lại quân đội Bayern.

Sự đồng cảm của Maximilian với nước Pháp và những ý tưởng khai sáng ngay lập tức thể hiện khi ông lên ngôi xứ Bayern. Bá tước Max Josef von Montgelas người từng bất hoà trong chính sách cai trị với vị cựu tuyển đế hầu Karl Theodore, đã có một thời gian làm thư ký riêng của Maximilian Joseph, ông là người có ảnh hưởng mạnh mẽ nhất, hoàn toàn yêu nước và theo chủ nghĩa khai sáng. Nông nghiệp và thương mại được thúc đẩy, luật pháp được cải thiện, bộ luật hình sự mới được ban hành, thuế và thuế quan được cân bằng bất kể các đặc quyền truyền thống, trong khi một số nhà tôn giáo bị đàn áp và doanh thu của họ được sử dụng cho mục đích giáo dục và các mục đích hữu ích khác.[1] Ông đóng cửa Đại học Ingolstadt vào tháng 5 năm 1800 và chuyển nó đến Landshut.

Trong các vấn đề đối ngoại, thái độ của Maximilian Joseph, theo quan điểm của người Đức, ít đáng khen ngợi hơn. Ông ấy không bao giờ có bất kỳ thiện cảm nào với tình cảm ngày càng tăng của Đức, và thái độ của ông được quyết định bởi những cân nhắc hoàn toàn của triều đại, hoặc ít nhất là của người Bayern. Cho đến năm 1813, ông là người trung thành nhất trong số các đồng minh người Đức của Hoàng đế Napoléon, mối quan hệ được củng cố bằng cuộc hôn nhân của con gái lớn của ông với Eugène de Beauharnais, Phó vương của Ý và là cánh tay đắc lực của Napoleon. Phần thưởng dành cho Maximilian đến từ Hiệp ước Pressburg (26 tháng 12 năm 1805), theo đó thì tuyển đế hầu xứ Bayern sẽ nhận được tước hiệu hoàng gia và các vụ mua lại lãnh thổ quan trọng ở Swabia và Franken để hoàn thiện hơn lãnh thổ của mình. Tuyển hầu xứ Bayern được nâng lên thành Vương quốc Bayern và ông chính thức đăng cơ vào ngày 1 tháng 1 năm 1806, với vương hiệu Maximilian I Joseph.[1] Vào ngày 15 tháng 3, ông nhượng lại Công quốc Berg cho em rể của Hoàng đế Napoléon là Joachim Murat[3].